Расположение гомологичных хромосом в митозе и мейозе отличается друг от друга.

В митозе гомологичные хромосомы расположены одна рядом с другой в процессе метафазы митоза, когда хромосомы выстраиваются вдоль экватора клетки. В результате каждая хромосома делится на две сестринские хроматиды, которые перемещаются к противоположным концам клетки в процессе анафазы.

В мейозе также происходит расположение гомологичных хромосом в метафазе мейоза, однако они выстраиваются не только рядом, но и образуют пары, так называемые биваленты. Это позволяет обменяться генетическим материалом между гомологичными хромосомами в процессе кроссинговера, что приводит к увеличению генетического разнообразия потомства. В результате мейоза образуется четыре гаплоидные клетки с разным генетическим материалом.