Главными органоидами, ответственными за внутриклеточное переваривание, являются лизосомы. Лизосомы содержат ферменты, которые способны расщеплять различные макромолекулы, такие как белки, липиды и углеводы, на более простые молекулы. Также в процессе внутриклеточного переваривания могут участвовать пероксисомы и протеасомы.