Амёба обитает в пресной и соленой воде, почве, гнилых водорослях, мхах, лишайниках, а также в кишечнике некоторых животных.

Инфузории-туфельки обитают в красных, соленых, или тропических водоемах, в почве, а также в пресной воде.