Окраска бактерий зависит от их способности производить различные пигменты. Некоторые бактерии могут производить хлорофилл или другие пигменты, которые придают им зеленую или пурпурную окраску. Эти пигменты могут иметь светопоглощающие свойства и помогать бактериям производить энергию с помощью фотосинтеза. В то время как большинство бактерий не производят такие пигменты и поэтому остаются бесцветными.