Органоиды обычно делятся путем простого деления на две части, подобно тому, как клетки делятся при митозе. Этот процесс также называется бинарным делением. Перед делением органоиды увеличивают свой размер и удваивают свое содержимое, а затем происходит деление на две новые части, каждая из которых содержит все необходимые компоненты для функционирования органоида.