Основні ознаки еукаріотичних організмів, що відрізняють їх від архей та бактерій, включають:

Мембранно-організований ядро: еукаріотичні клітини мають ядро, обмежене ядерною оболонкою, де розташовуються хромосоми. У архей та бактерій відсутнє справжнє ядро.

Органели: еукаріотичні клітини мають різноманітні мембраною огорнуті органели, такі як мітохондрії, хлоропласти, ендоплазматичне ретикулум та інші. Археї та бактерії не мають таких органел.

Внутрішнє скелетне каркас: еукаріотичні клітини мають цитоскелет, який підтримує форму клітини та допомагає у рухах та поділі клітини. У архей та бактерій цитоскелет відсутній.

Багатоядерність: деякі види еукаріотів мають багатоядерні клітини, тобто кілька ядер в одній клітині. У той час як археї та бактерії мають одне ядро в клітині.

Процеси поділу клітини: еукаріотичні організми виконують процес мітозу або мейозу для поділу клітин, у той час як археї та бактерії використовують бінарну поділу клітини.

Загалом, ці ознаки дозволяють відрізнити еукаріотичні організми від архей та бактерій.