Некоторые белки могут не иметь всех четырех уровней организации из-за их специфической структуры и функции. Например, некоторые белки могут состоять только из одной полипептидной цепи и иметь простую пространственную структуру, не требующую сложных свертываний или сборки.

Также, некоторые белки могут выполнять свою функцию в мономерном виде, без необходимости образования многомерных комплексов или ассоциаций с другими белками. В таких случаях уровни кватернерной иторнации могут отсутствовать.

Наконец, некоторые белки могут быть достаточно малыми и простыми, что им не требуется сложная структура для выполнения своей функции. В результате они могут иметь только первичную и вторичную структуры, без выраженных третичной и кватернерной структуры.