Толстая оболочка зиготы хламидомонады имеет защитную функцию, обеспечивая ей сохранение внутренних структур при неблагоприятных условиях окружающей среды, таких как высокая соленость, низкая температура или воздействие химических веществ. Также она способствует защите зиготы от внешних воздействий и обеспечивает ей возможность переживать длительные периоды аномальных условий, пока не настанут более подходящие условия для роста и размножения.