Первичная структура белка является самой простой и основной структурой, представляющей собой последовательность аминокислот в протеине. Эта структура белка определяет все последующие уровни его организации - вторичную и третичную структуры. Поскольку первичная структура белка является основой для всех остальных уровней его организации, любые изменения в этой последовательности могут привести к нарушению вторичной и третичной структур белка.

Кроме того, первичная структура белка обладает наименьшей термодинамической энергией и потому является наиболее устойчивой к внешним воздействиям. Вторичная и третичная структуры белка, в свою очередь, зависят от различных взаимодействий между аминокислотами в протеине - водородных связей, гидрофобных взаимодействий, сольватации и др. Эти взаимодействия более чувствительны к изменениям условий окружающей среды и потому могут быть менее стабильными, чем первичная структура белка.