Главное отличие между голосеменными растениями и водорослями заключается в их способе размножения и развития. Голосеменные растения имеют семена, которые содержат запасы питательных веществ и предназначены для размножения. Водоросли не имеют семен, они размножаются спорами или организмы размножаются при помощи бесплодной зачатки. Голосеменные растения обычно являются более сложными в строении и организации, чем водоросли, с развитой корневой, стебельной и листовой системой, в то время как водоросли обычно представляют собой простые одноклеточные или многоклеточные организмы без истинных тканей.