Отличия в этих фразах заключаются в их функции и структуре:

"don't" - это сокращенная форма отрицательной формы глагола "to do", используется в простом прошедшем времени или в настоящем времени для выражения отрицания.
Пример: I don't like coffee. (Я не люблю кофе.)

"they do" - это положительная форма глагола "to do" в настоящем времени, используется для подтверждения действия или факта.
Пример: They do their homework every day. (Они делают домашнее задание каждый день.)

"are they" - это вопросительная форма в настоящем времени с глаголом "to be", употребляется для задания вопроса о каком-то действии или факте.
Пример: Are they coming to the party? (Они придут на вечеринку?)