Основным методом выявления ПТК, определения их соподчиненности и установления границ является метод структурного анализа. В рамках этого метода проводится исследование структуры ПТК, их взаимосвязей и интерфейсов для определения их функциональных возможностей, а также идентификации иерархии их взаимосвязей. Такой анализ позволяет выявить ключевые компоненты ПТК, определить их роль и место в системе, а также установить границы функциональной ответственности каждого из компонентов.