Да, все эти понятия являются частицами, составляющими вещество. Электроны, нейтроны и протоны являются элементарными частицами, атомы состоят из электронов, нейтронов и протонов, молекулы состоят из атомов, а ионы - это заряженные атомы или молекулы.