Шифрование архива происходит путем преобразования содержимого архива с использованием криптографических алгоритмов и ключей. Когда файлы помещаются в архив, они сжимаются и защищаются паролем или ключом шифрования. Далее данные преобразуются таким образом, что они не читаемы без правильного ключа или пароля. Только владелец ключа или пароля сможет дешифровать архив и получить к нему доступ.

Программы для создания зашифрованных архивов используют различные алгоритмы шифрования, такие как AES, Twofish, Serpent и другие. Шифрование обеспечивает защиту данных от несанкционированного доступа или изменения.