Створення Малоросійської колегії мало низку наслідків для України. Зокрема, це спричинило зменшення автономії Великого князівства Литовського та поглиблення централізації влади в Україні. Колегія була контрольована Московським князівством, що призвело до посилення російського впливу на українські землі. Також сталося призначення російських урядовців на посади в колегії, що призвело до русифікації українських земель.