Основное отличие сталинского проекта автономизации заключалось в его централизованности и жестком контроле со стороны центрального правительства. Сталин стремился сделать автономный строй более подконтрольным и подчиненным центральной власти, чем это было в проекте представителей советских республик и В. Ленина.

Сталин решал проблему национальных отношений не на основе равноправия и консенсуса, как предлагали другие, а через укрепление контроля центральной власти и подчинение автономных областей ей. Это привело к усилению централизации и унификации в стране, что многие считают негативным аспектом сталинского проекта автономизации.