Цели красного террора в отношении Церкви могли включать следующее:

Ослабление влияния Церкви на общество и подавление ее возможной оппозиции во времена религиозных конфликтов и борьбы за власть.

Уничтожение структуры и организации Церкви как института, который мог представлять угрозу для коммунистического режима.

Ликвидация духовенства и верующих, которые могли быть видены как препятствие для установления атеистической идеологии коммунизма.

Установление абсолютного контроля над религиозной сферой и подавление любых форм вероисповедания, не соответствующих официальной идеологии.

Такие действия могли привести к полному исчезновению Церкви как института или к существенному ослаблению ее влияния на общество.