Некоторые из наиболее спорных проблем средневековой Российской истории включают в себя:

Происхождение и формирование славянских народов на территории современной России. Существуют различные теории о том, какие этнос господствовал на этой территории в разные периоды и каким образом происходило их образование.

Роль Варягов в формировании древнерусского государства. Существуют различные точки зрения на то, насколько значимым было влияние скандинавов на процессы государственного строительства на Руси.

Распад Киевской Руси и формирование Московского государства. Некоторые исследователи спорят о том, каким образом и почему произошел распад древнерусского государства, а также о роли, которую сыграла Москва в объединении русских земель.

Реформы и политика Ивана III и Ивана IV. Существуют различные точки зрения на историческую значимость и результаты реформ, проводимых этими правителями, а также на их внутреннюю и внешнюю политику.

Признание Московского царства центром православного мира (Третейский собор 1551 года). Существуют различные точки зрения на роль Московского царства в православном мире, а также на то, насколько оправданным было признание Москвы центром православия.