Одним из возможных взглядов Бэкона, которые могли вызвать преследование со стороны церкви, была его критика теологии и мистицизма. Бэкон призывал к новому, научному методу познания мира, основанному на опыте и экспериментах, в отличие от традиционной веры и авторитета церкви.

Также возможно, что его идеи о свободе мысли и критике религиозных догм могли вызвать недовольство у церковных властей. Бэкон выступал за свободу мысли и исследований, что могло быть воспринято как угроза для церковного учения и авторитета.

Наконец, его учение о науке и ее возможностях могло вызвать опасения у церкви, поскольку это могло привести к утрате ее влияния на общество и миропорядок.