На третьем этапе крестьянской войны под предводительством Е.И.Пугачева в 1773-1774 годах идет активное сопротивление войскам царских властей. Пугачев объединяет крестьян и казаков против феодальной системы, проводит крупные атаки на города и крепости. В ходе этой фазы войны были осаждены и захвачены Самара, Сызрань, Саратов, Пенза и другие города. Однако, после нескольких поражений войска Пугачева были разбиты и он был схвачен и казнен в 1775 году.