Это может быть связано с тем, что в данном промежутке произошло смена тысячелетия, именно в 2000 году. Поэтому многие люди придерживаются того мнения, что данный период можно назвать "двухтысячными", так как он начался с 2000 года. Однако в более формальных обозначениях и разговорной речи этот период обычно называют "нулевыми", так как числа в его годах начинаются с нуля.