Это обусловлено тем, что существует множество правил и исключений в фонетике и орфографии различных языков. В данном случае, слово "them" происходит от древнеанглийского "ðem", а слово "stone" от Middle English "ston". При этом, русское "е" обычно соответствует английскому "o" в неударных слогах, но есть и исключения, как, например, в слове "family", где русское "е" соответствует английскому "i". Таким образом, степень соответствия звуков в разных языках может быть разной и зависит от исторических, фонетических и лингвистических особенностей каждого языка.