Надо уточнить смысл фразы; приведу два естественных варианта.
1) Если сравниваем площади $1{\text{км}}^2$ и $999999{\text{м}}^2$:
$$1{\text{км}}^2=(1000\text{м}{)}^2=1000000{\text{м}}^2,$$ поэтому
$$1000000{\text{м}}^2>999999{\text{м}}^2$$ и разница равна $1{\text{м}}^2$.
2) Если сравниваем $(1\text{км}{)}^2$ и $(999999\text{м}{)}^2$ (т. е. стороны $1\text{км}$ и $999999\text{м}$):
$$(999999\text{м}{)}^2=(10^6-1{)}^2=10^{12}-2\cdot 10^6+1=999998000001{\text{м}}^2,$$ и это намного больше, чем
$$1{\text{км}}^2=1000000{\text{м}}^2.$$