Для создания небольших кроссплатформенных десктопных приложений, которые будут обмениваться данными с устройствами по USB или COM портам, можно рассмотреть использование Qt. Qt - это популярный фреймворк для разработки кроссплатформенных приложений, который поддерживает работу с последовательными портами.

Qt предоставляет множество готовых компонентов и библиотек для работы с различными устройствами, а также широкие возможности для создания графического интерфейса приложения. Кроме того, Qt имеет отличную документацию и активное сообщество разработчиков, что делает работу с ним более удобной.

JavaFX также может быть использован для создания кроссплатформенных десктопных приложений, однако, как вы отметили, могут возникнуть сложности с работой с последовательными портами из-за недостатка поддерживаемых библиотек.

Таким образом, для вашего конкретного случая, вам стоит рассмотреть Qt как основную технологию для разработки небольших кроссплатформенных десктопных приложений.