Да, нужно поставить запятую на месте "()", чтобы отделить вводное словосочетание от основной части предложения. Таким образом, предложение будет выглядеть следующим образом:
Иванов Иван Иванович — студент 3 курса факультета «История», кафедры "История России" МГУ им. М. В. Ломоносова.