Слово "Токио" - является именем собственным и не подчиняется общим правилам рода в языке. В японском языке нет различия между мужским или женским родом, поэтому слово "Токио" просто является именем города, не имеющим пола. На русском языке, в соответствии с общепринятыми правилами для иноязычных слов, "Токио" также считается мужским родом.