Слово "корень" имеет несколько значений:

Часть растения, которая находится под землей и обеспечивает его питанием.Основа, основное значение чего-либо.

Слово "корень" в значении "математический" отличается от остальных, так как в этом контексте оно означает корень из числа, т.е. число, которое умноженное само на себя дает заданное число.