Оба варианта могут быть правильными, в зависимости от профессиональной терминологии и ударения, предпочитаемого в определенной области. Если вы общаетесь с врачами, то правильно будет говорить "онкомаркЁры", так как врачи ставят ударение на Ё. Если же общаетесь с лингвистами, то можно использовать вариант "онкомАркеры", так как они ставят ударение на А.