Правило кратко: буквы я, ё, ю, е в начале слова (или после гласной/ъ/ь) читаются как два звука [й+гласный], поэтому в таких словах звуков больше, чем букв.
Выписанные слова из текста, где звуков больше, чем букв:
- «ягоды»: букв $5$, звуков $6$ ( «я» = [й+а] ).
- «юра»: букв $3$, звуков $4$ ( «ю» = [й+у] ).
- «ежика»: букв $5$, звуков $6$ ( «е» = [й+е] ).