Потому что это исторически обусловлено: «лучший» — нерегулярная форма сравнения от корня, соответствующего праславянскому *lěp‑ (ср. польск. lepszy, чешск. lepší, укр. ліпший). Сравнительная форма образовывалась с суффиксом *‑jš‑ → *lěpьjšь → старорусск. лепший. В русских звукоизменениях сочетание «пш» ассимилировалось и палатализовалось: *лепший → лечший, затем фонетические изменения гласных дали современное лучший.
Коротко:
- исходно: *лепший (ср. польск. lepszy, чешск. lepší);
- изменение «пш» → «чш» (палатализация/ассимиляция): лепший → лечший;
- фонетика гласных → лучший.
Поэтому в слове именно «ч» (в сочетании «чш») — след исторического превращения, а не «ш» один раз. В произношении «чш» часто сливается в долгой палатализованной согласной.