Можно сказать "Иду через город", так как это предполагает, что вы проходите через некоторую часть города или находитесь в городе в целом. Если вы хотите подчеркнуть, что проходите через все районы или улицы города, то можно добавить уточнение и сказать "Иду через весь город".