Назначить на должность руководителя сектором ХХХ (или руководителем сектора ХХХ) - это более формальное и официальное выражение, чаще используемое в организациях с более сложной структурой.

Назначить на должность руководителя отделом ЧЧЧ (или руководителем отдела ЧЧЧ) - это более простое и прямое выражение, чаще используемое в небольших или менее формальных организациях.

Выбор между этими выражениями будет зависеть от контекста и структуры конкретной организации.