Да, конечно, можно использовать выражение "возражающее письмо" или "возражающий комментарий", чтобы обозначить документ или сообщение, в котором вы противопоставляете свою точку зрения или аргументы собеседнику. Однако более устоявшимся вариантом является использование термина "письмо с возражением". Он более ясно передает смысл и не вызывает недопонимания.