Да, есть разница между "в тарелке" и "на тарелке". Выражение "в тарелке" обычно используется, когда речь идет о месте расположения чего-то внутри тарелки, например: "Суп в тарелке". А выражение "на тарелке" обычно используется, когда речь идет о том, что что-то находится сверху тарелки, например: "Фрукты на тарелке".