Предложение "Поскольку в данном случае изменяется одно из обязательных условий трудового договора — срок его действия, то издание приказа необходимо" правильно оформлено с точки зрения использования знаков препинания. Второе тире в данном контексте подчеркивает паузу и разделение между частями предложения.

Что касается предлога "то", он используется для выделения следствия или вывода из предыдущего утверждения. В данной конструкции он оказывает усилительную функцию, указывая на необходимость издания приказа как следствие изменения обязательного условия трудового договора. Таким образом, его наличие в предложении вполне оправдано.