А почему не может быть названия во множественном числе? У нас, правда, оно используется не столько для городов, сколько для деревень и посёлков: Городки, Холмики, Малинники, и т.п. Город Афины так и есть во множественном числе, и это множественное число "переведено" на русский буквой "Ы". У названия этого города очень запутанная история, которую лучше могут рассказать местные историки. В общем, сначала город назывался Афина, в честь богини. Потом, по какой-то причине, его название стали писать во множественном числе, но после опять перешли на единичное, но записи остались... И так, одна Афина превратилась во множество Афин. Про Фивы не знаю, но предполагаю, что тоже похожая история. Канны - Cannes. Опять множественное число. Значит тоже сохранилось при переводе.