Да, фактически употребление обоих слов в данном контексте является избыточным, так как слово "алгоритм" уже подразумевает последовательность действий или порядок, необходимый для выполнения определенной задачи. Поэтому можно было бы сказать: "Алгоритм возбуждения уголовного дела включает в себя три этапа".