Со временем обычно означает по прошествии определенного количества времени, в то время как в будущем указывает на неопределенный период времени, который наступит после настоящего момента. Поэтому выражение "возможно со временем" обычно означает, что что-то может произойти через определенное время, в то время как "возможно в будущем" указывает на возможное событие, которое может произойти в долгосрочной перспективе.