Эмбриология изучает особенности процессов онтогенеза, включая формирование и развитие организма с момента зачатия до половозрелого состояния. Она изучает как индивидуальное развитие отдельного организма, так и эволюционные изменения, происходящие в процессе эмбрионального развития. Также эмбриология исследует влияние различных факторов, таких как генетика, окружающая среда и гормональные изменения, на процессы онтогенеза.

Систематика и палеонтология также могут изучать онтогенез организмов, в частности, сравнивая онтогенез разных видов и реконструируя процессы эволюции. Селекция, как наука о том, каким образом различные факторы влияют на наследственные свойства организмов, может также рассматривать онтогенез как один из аспектов формирования и совершенствования видов.