Бактерии могут питаться различными веществами, в зависимости от их вида. Некоторые бактерии являются хемоорганотрофами и используют органические вещества в качестве источника энергии и углерода, такие как сахара или другие органические соединения. Другие бактерии являются хемоавтотрофами и используют неорганические вещества, такие как аммиак, сероводород или железо в качестве источника энергии, а углерод получают из углекислого газа или других неорганических источников углерода.

Некоторые бактерии являются фототрофами и используют свет как источник энергии для фотосинтеза, а углерод получают из углекислого газа. Есть также бактерии, которые являются сапрофитами и питаются органическим материалом, разлагая его и используя полученные в результате продукты для своего обогащения.