Сократительная вакуоля амебы отвечает за осмотический баланс и выделение отходов из клетки. Она помогает контролировать концентрацию воды и минеральных солей в цитоплазме, а также участвует в избавлении клетки от лишних или токсичных веществ.

Пищеварительная вакуоля амебы, или фагоциты, предназначена для захвата, переваривания и усвоения пищи клетки. Она образуется при поглощении крупных частиц пищи, таких как бактерии или кусочки органического вещества. Внутри вакуоли происходит расщепление пищи на молекулы, которые затем поглощаются цитоплазмой клетки.