Клубеньковые бактерии являются важными составляющими азотфиксирующей симбиотической связи между растениями и микроорганизмами. Они способны фиксировать атмосферный азот в доступную для растений форму, что способствует улучшению плодородия почвы и повышению урожайности.

В сельском хозяйстве клубеньковые бактерии используются для симбиотической инокуляции бобовых культур, таких как соя, горох, клевер и др. Это позволяет снизить использование минеральных удобрений и химических пестицидов, улучшить качество почвы, повысить урожайность и уменьшить негативное воздействие на окружающую среду. Также клубеньковые бактерии могут использоваться для восстановления почвенного плодородия после засоления или загрязнения.