Нуклеотиды ДНК отличаются друг от друга химическим составом базы: аденин, цитозин, гуанин и тимин. Аденин и гуанин относятся к пурины, а цитозин и тимин – к пиримидинам. Кроме этого, они могут также отличаться последовательностью подключения друг к другу.