Водородные связи - образуются между аминокислотными остатками в полипептидной цепи. Они играют ключевую роль в стабилизации вторичной структуры белка, такой как α-спираль и β-складки.

Гидрофобные взаимодействия - обеспечивают стабилизацию вторичной структуры за счет взаимодействия гидрофобных участков аминокислот.

Ионо-дипольные взаимодействия - могут образовываться между заряженными аминокислотными остатками и дипольными группами, такими как карбонильные и амидные группы, участвующие в конформационных изменениях вторичной структуры.

Ионо-иононые взаимодействия - образуются между заряженными аминокислотными остатками, такими как аспартат и лизин, и способствуют стабилизации вторичной структуры.

Дисульфидные мостики - образуются между цистеиновыми остатками и играют важную роль в стабилизации пространственной структуры белка.