Протеолітичні ферменти зазвичай знаходяться у різних органелах клітини, таких як лізосоми, ендосоми, мітохондрії та ядро. Також їх можна знайти у позаклітинному середовищі, так як вони продукуються різними клітинами для руйнування білків та інших макромолекул.