Крылья: У археоптерикса крылья имели перья, которые больше напоминали перья у птиц, чем у пресмыкающихся. Однако у него были еще и клешни на крыльях, что свойственно пресмыкающимся.

Зубы: Археоптерикс имел зубы, что отличает его от современных птиц, у которых зубов нет, но такое животное, как крокодил, имеет зубы.

Хвост: У археоптерикса хвост был длинным и украшенным перьями, в то время как у птиц обычно хвост короткий и покрыт перьями, и у пресмыкающихся хвост чаще всего длинный и без перьев.

Размер: Археоптерикс был значительно меньше современных птиц и большинства пресмыкающихся.

Чешуя: У пресмыкающихся, таких как ящерицы и змеи, кожа обычно покрыта чешуей, в то время как у археоптерикса и птиц кожа покрыта перьями.