В хроматофорах обычно содержится пигмент, который определяет цвет клетки или организма. Эти пигменты могут быть различного типа, включая меланин, каротиноиды, пурпурные белки и другие. В зависимости от типа пигмента и способности клетки или организма изменять свой цвет, хроматофоры могут участвовать в защите, терморегуляции, камуфляже или коммуникации.