Анализирующее скрещивание обычно проводится в генетике и биоинформатике для изучения генетических характеристик организмов или геномов. Оно может проводиться на различных этапах исследования, включая изучение гутации, мутации, полиморфизма и других генетических изменений. В зависимости от целей исследования анализирующее скрещивание может проводиться как на ранних этапах, так и на более поздних.