Вероятность расхождения двух неаллельных генов при кроссинговере зависит от нескольких факторов, включая расстояние между генами на хромосоме, частоту рекомбинации в этом регионе и механизм образования гамет. Чем больше расстояние между генами, тем выше вероятность их расхождения при кроссинговере. Также вероятность расхождения может быть увеличена в случае наличия многочисленных кроссинговеров в районе между генами, что может привести к образованию рекомбинантных хромосом.