Сходство мутуализма и протокооперации заключается в том, что оба виды взаимодействия являются формами партнерства между разными организмами для достижения взаимной выгоды.

Различие заключается в том, что мутуализм является взаимовыгодным отношением, при котором оба партнёра получают выгоду от сотрудничества, в то время как протокооперация предполагает, что один из партнёров получает выгоду от другого, не принесая взамен никакой выгоды.